PCB電路板一般而言會分成六層，具體為：機械層、禁止布線層、阻焊層、助焊層、絲印層和過孔層。

機械層：

Protel99SE提供了16個機械層，它一般用于設置電路板的外形尺寸，數據標記，對齊標記，裝配說明以及其它的機械信息。這些信息因設計公司或PCB制造廠的要求而有所不同。執行菜單命令Design|MechanicalLayer能為電路板設置更多的機械層。另外，機械層可以附加在其它層上一起輸出顯示。

禁止布線層：

用于定義在電路板上能夠有效放置元件和布線的區域。在該層繪制一個封閉區域作為布線有效區，在該區域外是不能自動布局和布線的。

阻焊層：

在焊盤以外的各部位涂覆一層涂料，如防焊漆，用于阻止這些部位上錫。阻焊層用于在設計過程中匹配焊盤，是自動產生的。

助焊層：

助焊層是機器貼片時要用的，是對應所有貼片元件的焊盤的，大小與頂層/底層一樣，是用來開鋼網漏錫用的。

絲印層：

絲印層主要用于放置印制信息，如元件的輪廓和標注，各種注釋字符等。Protel99SE提供了TopOverlay和BottomOverlay兩個絲印層。一般，各種標注字符都在頂層絲印層，底層絲印層可關閉。

鉆孔層：

鉆孔層提供電路板制造過程中的鉆孔信息（如焊盤，過孔就需要鉆孔）。Protel99SE提供了Drillgride（鉆孔指示圖）和Drilldrawing（鉆孔圖）兩個鉆孔層。

PCB電路板現在主要發展方向也是小而精密，工作人員對每一塊電路板都要認真對待，才能為廣大用戶提供更加精巧的PCB電路板。